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血液で消化器系がんを診断 [ちょいとオミックスな話題]

本日の日経によると、消化器のがんを血液で調べられるようになりそうだとのことだ。

このチームは、1800の遺伝子が消化器系がんでおかしくなっていることを見出した。53人のがんの患者さんと健常人との比較で、約9割の確率でがんを診断できたとのこと。また、がんの部位も7割の確率で推定できたとのことだ。

血液で簡単に調べることができるのならば、我々の負担も少なく早期発見に期待が持てる。
今後の研究が楽しみだ。(20 Nov 2009日経)
タグ:がん 検査
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太った人でおかしくなった遺伝子?メタボな話題 [ちょいとオミックスな話題]

本日の日経にチョット気になる記事があった。

日大医学部の研究者らの報告によると、
太った人では体内時計の調節している遺伝子のひとつ「ピリオド1」の活動がおかしいらしい。

この遺伝子は、通常は朝に活発になるとのことで、
肥満指数であるBMIが25以上の12人と以下の15人で比べてみると、肥満の人では この遺伝子の活動量に変化がないことから、脂質・糖質などの代謝との関連を検討しているようだ。

ダイエットに成功すると、またピリオド1が朝に活発になることから肥満に関連していそうだが、結果として起こっているのか、この変化が本当に肥満に悪影響を与えるのか、まだよくわからない。また人数も少ないので、結論を急ぐのは早そうだ。

「ピリオド1」と肥満との結びつきはよくわからないが、オミックス的なアプローチでヒントが得られるかもしれない。

メタボな体としては、ちょっと気になる話題だ。(2009年11月13日(金)日経)

BMIの計算方法
体重(キログラム)を身長(メートル)の2条で割った値。
75キロで1.7mなら、BMIは26になり、25を超えているから肥満の仲間だ。
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ITによる病理医の目 [ちょいとオミックスな話題]

091107日経によると、NECはイメージ処理技術と機械学習を組み合わせて、「病理医の目」を再現したとのこと。

これは、がん診断のためのデジタル病理診断ソフトだ。NECは、ハーバード大学付属マチューセッツ総合病院(MGH)へ納入して臨床研究に着手したとのこと。

病理検査市場は、約6000億円。国内では、約1000人の病理学者が年間1000万件以上の病理検体を診断しているとのことだ。病理医の負担を減られるようになるかもしれない。個の医療への重要な技術だ。

タグ:がん 検査
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パーキンソン病のリスク因子GBA? [ちょいとオミックスな話題]

091022日経夕刊によると、東大とNHIのグループは、パーキンソン病の発症リスクを高める遺伝子を見出したとのこと。

New England Journal of Medicine 361, 1651-1661 (2009)

遺伝子はGBA (glucocerebrosidase) 、糖脂質の代謝酵素だ。この遺伝子はGaucher Disease(ゴーシェ病) の原因遺伝子として知られているもの。

パーキンソン病の発症リスクを高めるGBA遺伝子上の変異と、病気との関連はこれからの研究だ。このような病気と原因遺伝子の関連が一見わからない場合のアプローチとして、オミックス的な視点での研究展開が楽しみだ。


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ビールとオムツの不思議な関係 オミックスとは? [ちょいとオミックスな話題]

オミックスとは、あまりなじみのない言葉である。ここでは網羅的な分子の集合と定義することとする。例えば、遺伝子の網羅的な情報であればゲノミックス。タンパク質の網羅的な情報であればプロテオミックス。遺伝子転写産物の網羅的な情報であればトランスプリクトミックスなど。

これらのオミックス情報は、遺伝子であったり、タンパク質であったり、ある種の階層構造をとった情報群である。オミックス情報学ではそれらの階層構造をとった情報群を、システムバイオロジー的なアプローチからさらに体系的に取り扱うこととする。

もう少しわかりやすい例を考えてみよう。

ビールとオムツの不思議な関係(有名なマーケット事例)
病気をシステムとして捉えると言っても具体的なイメージを持つことは難しい。そこで、身近な例として、「オムツとビールの販売」の例を利用する。マーケットの分野では、関連する製品を近くに配置することで、売り上げを増加させる方法がある。

データマイニング手法で分析したところ、オムツのそばにビールを配置すると売り上げが飛躍的に上がることが明らかになった。オムツとビールは一見関連性がないが、その間をつなぐ物語(シナリオ)として、最近の若いカップルの行動パターンから、若い男性がベビーカーを押すケースが増えてきており、オムツの購入の際についでにビールも購入する傾向があるという。

この例では、一見関連性のない要素(オムツとビール)がシナリオにより関連付けされている。ビールなどの要素に対応するものとして、各種の遺伝子、タンパク質、脂質、またシナリオに対応するものとして、細胞内のメカニズムや細胞内外の情報伝達、時間変化などを想定する。

そうすると、一見関連がなさそうな蛋白質同士や核酸などが細胞情報経路により結びつくものが出てくる。このような細胞や生体をシステムとしてとらえてて。例えば医療の分野へ利用したものがオミックス病態学であり、創薬分野へ利用がオミックス創薬(私の造語)といった考え方だ。

今後はオミックスな話題も、ニュースなどを事例として取り上げていきたい。
タグ:ツール
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